El repertorio del Coro Uniandes comprende música coral a cappella y con acompañamiento instrumental desde la Edad Media hasta nuestros días, incluyendo motetes renacentistas, música coral contemporánea y piezas tradicionales colombianas, latinoamericanas y de todo el mundo. Las obras maestras del repertorio sinfónico-coral también son un componente importante del repertorio del Coro Uniandes.